Вот сценарий SimpleITK python, который может читать в стопке изображений PNG и выводить трехмерное изображение Nifti:
import SimpleITK as sitk
import glob
file_names = glob.glob('*.png')
reader = sitk.ImageSeriesReader()
reader.SetFileNames(file_names)
vol = reader.Execute()
sitk.WriteImage(vol, 'volume.nii.gz')
Сценарий предполагает, что glob получает имена файлов в правильном формате. порядок. Также созданный трехмерный объем будет иметь одинаковый интервал по осям X, Y и Z. Если интервал Z отличается от X и Y, вы можете вызвать vol.SetSpacing с любыми значениями интервалов, которые должны быть.