Я предлагаю вам либо включить фон в свое обучение, либо обрезать изображение, прежде чем пытаться сегментировать его. Преднамеренное исключение областей ваших изображений - плохая идея, если это на самом деле не отражает обстоятельства, в которых вы хотите использовать свою модель.
Поскольку вы упомянули, что все ваши фоновые значения равны -3024, я настоятельно рекомендую вы нормализуете информацию вокселей до 0-1, таким образом ваша модель лучше обобщает. Просто убедитесь, что ваш тип данных с плавающей запятой поддерживает все значения. Абсолютные значения (или единицы Хаунсфилда) могут быть трудными для работы, поскольку они могут сильно отличаться от пациента к пациенту.