Синтаксис змеиного меха и панд - PullRequest
Новая
       5

Синтаксис змеиного меха и панд

0 голосов
/ 11 сентября 2018

У меня есть входной файл следующим образом 

SampleName Run Read1 Read2
A run1 test/true_data/4k_R1.fq test/true_data/4k_R2.fq
A run2 test/samples/A.fastq test/samples/A2.fastq
B run1 test/samples/B.fastq test/samples/B2.fastq
C run1 test/samples/C.fastq test/samples/C5.fastq
D

Итак, я получаю все индексы в массиве: 

sample_table    = pd.read_table('samples.tsv', sep=' ', lineterminator='\n')
sample_table    = sample_table.drop_duplicates(subset='SampleName', keep='first', inplace=False)
sample_table    = sample_table.dropna()
sample_table.set_index('SampleName',inplace=True)
sample_ID=sample_table.index.values

На данный момент sample_ID=['A' 'B' 'C'], что я и хочу.Затем я хочу установить переменную r1, которая будет соответствовать Read1 и r2 для Read2 каждого образца. 

rule all:
    input:
        expand("test/fltr/{ID_sample}.fq", ID_sample=sample_ID)

rule send_reads:
    input:
        #Tried both way but it does not work 
        r1=sample_table.loc["{ID_sample}",'Read1']
        r2=sample_table.Read2["{ID_sample}"]
    output:
       "test/fltr/{ID_sample}{input.r1}.fq"
    shell:
       "touch {output}"

Я получаю ошибку

метка [{ID_sample}] отсутствует в [index]

Это синтаксическая ошибка или большая ошибка?

Я только начинаю использовать Snakemake, мне показалось, что я понял это после урока, но, очевидно, нет.

Большое спасибо, Cheers

1 Ответ

0 голосов
/ 11 сентября 2018

lambda функция может быть использована для получения этого значения. 

input:
    lambda wildcards, output: sample_table.Read2[wildcards.ID_sample]

Кроме того, исходя из вашего rule all, ваш output должен быть test/fltr/{ID_sample}.fq.И вы должны использовать запятую для разделения двух переменных в input.

...