Предупреждающие сообщения iNEXT: In sqrt (var_obs): произведено NaN

Question

Я получаю предупреждающие сообщения:

In sqrt (var_obs): произведено NaNs

после запуска кода iNEXT out.raw <- iNEXT(pwa, datatype="incidence_raw", endpoint = 125) в r. Когда я запускаю тот же код для другого набора данных, он работает нормально, без каких-либо ошибок. Есть идеи, почему это может произойти? Должен ли я игнорировать это предупреждение?

Мой тип данных: incidence_raw (например, см. Data - ciliates). Я использую CSV. файл и следующий код: pw1 <- as.matrix(apply(pw[,-1],2,as.integer)), row.names(mpw) <- pw[,1], pa1 <- as.matrix(apply(pa[,-1],2,as.integer)), row.names(mpa) <- pa[,1], pwa = list(PW = pw1, PA = pa1), out.raw <- iNEXT(pwa, datatype="incidence_raw", endpoint = 125). Спасибо за помощь!

Answer 1

Это предупреждение указывает, что var_obs содержит отрицательные или нечисловые значения.Чтобы увидеть, как вычисляется var_obs, посмотрите исходный код: https://github.com/JohnsonHsieh/iNEXT/blob/3b53e0b1818d1086b86fc59cfe793a545d4a11eb/R/EstIndex.R.

Я бы предположил, что источником проблемы являются ваши исходные данные.