Ваш вопрос довольно неясен, но если вы хотите гарантировать, что изображение PNG будет сохранено со слоем альфа / прозрачности, то все, что вам нужно сделать, это добавить префикс выходного файла к PNG32:. В Терминале это выглядит так:
magick input.png PNG32:output.png
Если вы имеете в виду что-то еще, нажмите edit под своим вопросом и уточните.