Как извлечь определенные строки из файла fasta в вектор - PullRequest
0 голосов
/ 22 января 2019

У меня есть файл fasta, из которого я должен генерировать kmers.Я пытаюсь поместить символы каждой второй строки после символа «<» в вектор. </p>

, например, если в файле fasta указано

>Compsosisymbrium reconditcladus
TGTGTTAGAGGGACGAGTCACCATGTACCAAAA
>Pseudogranum aridacinus
ATTATCGTTGTTGCTAGCCA

и т. Д. И т. Д....

как мне поместить

TGTGTTAGAGGGACGAGTCACCATGTACCAAAA

и

ATTATCGTTGTTGCTAGCCA

в вектор, чтобы я мог начать генерировать kmers?Для моего кода я поместил TGTGTTAGAGGGACGAGTCACCATGTACCAAAA и ATTATCGTTGTTGCTAGCCA в строку seq.

while(getline(file,sp)){
    //string contents;
        getline(file,seq);
        cout << sp << endl;
        cout << seq << "\n";

        cout << "Test: sequence size is " << seq.size()<< endl;

    }
    vector <char>kList;//an empty vector
    //store the characters into the vector
        for (int i = 0; i<=seq.size()+1;i++){
            kList.push_back(seq.at(i));
        }
    //display the seq contents in the kList vector
    cout << "Test: the contents is ";
    for(int i = 0;i<=kList.size();i++){
        cout << kList[i];
    }

}
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...