У меня есть файл fasta, из которого я должен генерировать kmers.Я пытаюсь поместить символы каждой второй строки после символа «<» в вектор. </p>
, например, если в файле fasta указано
>Compsosisymbrium reconditcladus
TGTGTTAGAGGGACGAGTCACCATGTACCAAAA
>Pseudogranum aridacinus
ATTATCGTTGTTGCTAGCCA
и т. Д. И т. Д....
как мне поместить
TGTGTTAGAGGGACGAGTCACCATGTACCAAAA
и
ATTATCGTTGTTGCTAGCCA
в вектор, чтобы я мог начать генерировать kmers?Для моего кода я поместил TGTGTTAGAGGGACGAGTCACCATGTACCAAAA и ATTATCGTTGTTGCTAGCCA в строку seq.
while(getline(file,sp)){
//string contents;
getline(file,seq);
cout << sp << endl;
cout << seq << "\n";
cout << "Test: sequence size is " << seq.size()<< endl;
}
vector <char>kList;//an empty vector
//store the characters into the vector
for (int i = 0; i<=seq.size()+1;i++){
kList.push_back(seq.at(i));
}
//display the seq contents in the kList vector
cout << "Test: the contents is ";
for(int i = 0;i<=kList.size();i++){
cout << kList[i];
}
}