ClustalW на Ubuntu - PullRequest
Новая
       8

ClustalW на Ubuntu

0 голосов
/ 12 сентября 2018

В кулинарной книге биопиона я не мог найти, как на самом деле запустить clustalw.Я сделал то, что написано в кулинарной книге, но она не работает clustalw, просто печатает 

clustalw2 -infile=opuntia.fasta

Может кто-нибудь помочь мне, как на самом деле запустить clustalw?

1 Ответ

0 голосов
/ 16 сентября 2018

Раздел скопирован из документации BioPython.

>>> из Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline>>> cline = ClustalwCommandline ("clustalw2", infile = "opuntia.fasta")>>> печать (cline)

clustalw2 -infile = opuntia.fasta

Если вы запустите 

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
print(cline)

, он сделает 3 вещи

  1. Импорт ClustalwCommandline модуля из BioPython
  2. Создание ClustalwCommandline объекта
  3. Печать строкового представления объекта

Если вы хотите выполнить программувам нужно будет вызвать созданный объект 

stdout, stderr = cline()

, который затем запустит всю программу с указанными вами параметрами.«Нормальный» вывод будет найден в stdout, а все ошибки - в stderr.

Если вы получите сообщение об ошибке, что исполняемый файл не найден, вам нужно либо добавить каталог clustalw2 в свой файл.путь или укажите полный путь (например, cline = ClustalwCommandline("c:/users/gufran/programs/clustalw.exe", infile="opuntia.fasta").

...