Извлечение последовательностей FASTA из файла на основе идентификаторов последовательностей

Question

У меня есть два файла. seq.fasta состоит из последовательностей FASTA, а ids.txt содержит идентификаторы для последовательностей, извлекаемых из seq.fasta

Например

seq.fasta

>AUP4056.1
MFKSLIQFFKSKSNTSNIKKENAVQRQERQDIEGWITPYSGQELLNTELRQHHLGLLWQQVSMTREMFEH
LYQKPIERYAEMVQLLPASESHHHSHLGGMLDHGLEVISFAAKLRQNYVLPLNAAPEDQAKQKDAWTAAV
IYLALVHDIGKSIVDIEIQLQDGKRWLAWHGIPTLPYKFRYIKQRDYELHPVLGGFIANQLIAKETFDWL
ATYPEVFSALMYAMAGHYDKANVLAEIVQKADQNSVALALGGDITKLVQKPVISFAKQLI`
>XIM5213
FKISSKGPGDGWLTEDGLWLMSKTTADQIRAYLMGQGISVPSDNRKLFDEMQAHRVIESTSEGNAIWYCQ
LSADAGWKPKDKFSLLRIKPEVIWDNIDDRPELFAGTICVVEKENEAEEKISNTVNEVQDTVPINKKENI
ELTSNLQEENTALQSLNPSQNPEVVVENCDNNSVDFLLNMFSDNNEQQVMNIPSADAEAGTTMILKSEPE
NLNTHIEVEANAIPKLPTNDDTHLKSEGQKFVDWLKD
>bcna2598.1
GPGDGWLTEDGLWLMSKTTADQIRAYLMGQGISVPSDNRKLFDEMQAHRVIESTSEGNAIWYCQ
LSADAGWKPKDKFSLLRIKPEVIWDNIDDRPELFAGTICVVEKENEAEEKISNTVNEVQDTVPINKKENI
ELTSNLQEENTALQSLNPSQNPEVVVENCLPTNDDTHLKSEGQK

ids.txt

AUP4056.1 bcna2598.1 YUP42568 CAD42579.3 
JIK6023.5 ZNB708645

Я попробовал следующую программу, предоставленную в качестве ответа на Как извлечь последовательности FASTA из файла, используя идентификаторы последовательностей в другом файле? но он просто копирует файл seq.fasta в вывод.

код Perl

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

open ( my $id_file, '<', 'ids.txt' ) or die $!;
#use split here, to split any lines on whitespace. 
chomp ( my @ids = map { split } <$id_file> );
close ( $id_file );

my %sequences;

open ( my $input, '<', 'seq.fasta' ) or die $!;

{
   local $/ = '';    #paragraph mode; Read until blank line

   while ( <$input> ) {
      my ( $id, $sequence ) = m/>\s*(\S+)\n(.*)/ms;
      $sequences{$id} = $sequence;
   }
}

foreach my $id ( @ids ) {

   if ( $sequences{$id} ) {
      print ">$id\n";
      print "$sequences{$id}\n";
   }
}

close ($input);
exit;

Может кто-нибудь сказать мне, где я ошибся?

UPDATE:

Я хочу сохранить вывод в отдельном файле.

Answer 1

Код, который вы используете, предназначен для файла FASTA с пустыми строками между последовательностями. Ваш не так, это не удается

Это должно работать правильно, хотя я не в состоянии проверить это

use strict;
use warnings 'all';

my %ids = do {
    open my $fh, '<', 'ids.txt'
            or die qq{Unable to open "ids.txt" for input: $!};
    local $/;
    map { $_ => undef } split ' ', <$fh>;
};

open my $fh, '<', 'seq.fasta'
        or die qq{Unable to open "seq.fasta" for input: $!};

my $print;
while ( <$fh> ) {
    $print = exists $ids{$1} if /^>(\S+)/;
    print if $print;
}