Что представляет собой список координат рядом с декартовыми координатами атома в соседнем списке - PullRequest
Новая
       27

Что представляет собой список координат рядом с декартовыми координатами атома в соседнем списке

0 голосов
/ 25 января 2019

Я пытался проанализировать результат, полученный с помощью модуля pymatgen.analysis.local_env, используя подход min_dist, используя следующий скрипт: 

from pymatgen.analysis.local_env import
structure_from_cif = Structure.from_file("mp-685151TiO.cif")
neighbor_list = []
for i in range(len(structure_from_cif.species)):
    neighbors = get_neighbors_of_site_with_index(structure_from_cif, i, approach = "min_dist", delta = 0.3, cutoff= 3)
    neighbor_list.append([str(structure_from_cif.species[i])+str(i), str(neighbors)])

Я получаю следующий вывод, часть которого показана ниже.Я понимаю, что первые координаты в () являются декартовыми координатами.Я думал, что координаты в [] имеют периодическое изображение, но я сомневаюсь, когда анализирую их.Может ли кто-нибудь помочь мне понять действительное значение и значение этих координат в [], например [-0,3863, -0,2759, 1,3863] в первом случае и т. Д.

['Ti0',' [PeriodicSite: O (-0,8310, -0,7224, 22,9070) [-0,3863, -0,2759, 1,3863], PeriodicSite: O (-1,3193, 1,8955, 23,8405) [-0,3863, 0,7241, 0,3863], PeriodicSite: O (1.6691, -0.7224, 24.2132) [0.6137, -0.2759, 1.3863], PeriodicSite: O (1.1809, 1.8955, 25.1466) [0.6137, 0.7241, 0.3863]] '], [' Ti1 ',' [PeriodicSite: O (-1.3145), -0,7079, 26,8777) [-0,5786, -0,2704, 1,5786], PeriodicSite: O (-1,8028, 1,9100, 27,8111) [-0,5786, 0,7296, 0,5786], PeriodicSite: O (1,1856, -0,7079, 28,1838) [0,4214,-0.2704, 1.5786], PeriodicSite: O (0.6974, 1.9100, 29.1173) [0.4214, 0.7296, 0.5786], PeriodicSite: O (-1.0443, -0.0383, 29.4055) [-0.4205, -0.0146, 1.4205]] '], ['Ti2', '[PeriodicSite: O (-1,4562, 0,0380, 33,2391) [-0,5796, 0,0145, 1,5796], PeriodicSite: O (-1,9444, 2,6559, 34,1725) [-0,5796, 1,0145, 0,5796], PeriodicSite: O (1,0440, 0,0380, 34,5452) [0,4204, 0,0145, 1,5796], PeriodicSite: O (0,5557, 2,6559, 35,4787) [0,4204, 1,0145, 0,5796], PeriodicSite: O (-1,1854, 0,7081, 35,7657) [-0,4213], 0,2705, 1,4213]] '],

1 Ответ

0 голосов
/ 25 января 2019

Второй набор координат в квадратных скобках - это дробные координаты этого участка относительно Решетки Структуры. Дробные координаты охватывают периодические границы, поэтому:

[- 0,3863, -0,2759, 1,3863]

эквивалентно этим координатам в диапазоне [0,1):

[0,6137, 0,7241, 0,3863]

По техническим причинам дробные координаты по умолчанию не заключаются в [0, 1), поскольку эта информация имеет смысл для некоторого кода моделирования. Однако для практических целей проще всего их интерпретировать в диапазоне [0, 1).

...