добавить атомы случайным образом вокруг атома в VASP Poscar, используя Pymatgen

Question

Я пытаюсь найти все атомы типа A в VOSP POSCAR, а затем случайным образом добавить «n» атомов типа B в сферу радиуса («r») с центром в каждом месте атома типа A, используя pymatgen, и вернутькаждый раз новый POSCAR.

Answer 1

В настоящее время это не встроенная трансформация в pymatgen.Вы можете написать его самостоятельно, создав новый PeriodicSite, изменив его положение на случайный вектор с помощью numpy и добавив его к Structure.