Я использую mlr и хотел бы иметь возможность использовать расширенную версию модели Кокса PH для правых цензурированных, зависящих от времени ковариат.Это то, что я пробовал, следуя виньетке по зависящим от времени ковариатам https://cran.microsoft.com/web/packages/survival/vignettes/timedep.pdf (раздел 3.4):
library(survival)
library(mlr)
data(pbc)
temp <- subset(pbc, id <= 312, select=c(id:sex, stage)) # baseline
pbc2 <- tmerge(temp, temp, id=id, death = event(time, status)) #set range
pbc2 <- tmerge(pbc2, pbcseq, id=id, ascites = tdc(day, ascites),
bili = tdc(day, bili), albumin = tdc(day, albumin),
protime = tdc(day, protime), alk.phos = tdc(day, alk.phos))
pbc.task <- makeSurvTask(data = pbc2, target = c("tstart", "tstop", "status"))
cox.lrn <- makeLearner(cl="surv.coxph", predict.type="response")
mod = train(cox.lrn, pbc.task)
При создании задачи я получаю следующее сообщение об ошибке:
Error in makeSurvTask(data = pbc2, target = c("tstart", "tstop", "status")) :
Assertion on 'target' failed: Must have length 2, but has length 3.
Так что, очевидно, я не могу передать и tstart, и tstop в makeSurvTask.Есть ли способ использовать переменные, зависящие от времени, с моделью Кокса в mlr?
Учебник mlr указывает, что использование данных, подвергнутых цензуре с интервалом, возможно:
Survival tasks use two target columns. For left and right censored problems
these consist of the survival time and a binary event indicator. For interval
censored data the two target columns must be specified in the "interval2"
format (see survival::Surv()).
Можно ли использоватьинтервал2 формат для данных, зависящих от времени?Если так, как это будет сделано?