Построение кривых выживания объекта coxPH с помощью ggsurvplot - какой самый простой способ? - PullRequest
0 голосов
/ 09 марта 2020

Я хотел бы отобразить кривые выживания из ранее установленной модели coxPH в R.

R-версия: 3.6.2

Варианты комплектации:

  • Выживание: 3,1-8
  • Выживший: 0,4,6

У меня есть большой сценарий за 2 года go, где у меня есть различные куски кода, которые выглядят так:

require('survival')
require('survminer')
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + wt.loss, data =  lung)
ggsurvplot(survfit(res.cox, data = lung))

К сожалению, когда я начал использовать код снова сейчас (сейчас, спустя два года), это возвращает сообщение об ошибке:

Error: object of type 'symbol' is not subsettable

Я думаю, что проблема может быть связано с тем, что формула вызова функции coxPH не копируется в объект переохлаждения. Я обнаружил, что следующее работает и создает хороший сюжет.

require('survival')
require('survminer')
ggsurvplot(survfit(coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + wt.loss, data =  lung), data = lung))

Мне интересно, это ошибка или особенность? Поскольку у меня есть много кусков кода, затронутых этим, я хотел спросить, есть ли простое решение, чтобы заставить его работать снова без необходимости копировать и вставлять вызов функции coxph.

Спасибо за вашу помощь,

moentu

...