При проведении многомерной модели Кокша с категориальными предикторами и после освобождения всех переменных предиктора (function = relevel ()) две из моих переменных предиктора имеют несколько уровней, которые являются «ссылками», исключая несколько анализов. В частности, для факторов «условие» и «патогенр» (ниже). Это распространенная проблема с известным решением? У меня слишком много предикторов (n = 6)?
Код ниже:
mydata<-read.csv("survivaldata.csv")
mydata$concentration1 <- relevel(mydata$concentration1, "1")#
mydata$concentration2 <- relevel(mydata$concentration2, "1")#
mydata$contaminant <- relevel(mydata$contaminant, "Control")#
mydata$pathogenpres <- relevel(mydata$pathogenpres, "2")#
mydata$fam <- relevel(mydata$fam, "1")#
mydata$condition <- relevel(mydata$condition, "gg")#
surob1<-Surv(time=mydata$days.surv,event = mydata$censored)
fit.coxph1<-coxph(surob1~concentration1+concentration2+contaminant+pathogenpres+condition+fam,data=mydata,conf.type="plain")
> summary(fit.coxph1)
Call:
coxph(surob1~concentration1+concentration2+contaminant+pathogenpres+condition+fam,data=mydata)
n= 188, number of events= 83
(8 observations deleted due to missingness)
coef exp(coef) se(coef) z Pr(>|z|)
concentration12 0.62577 1.86968 0.35103 1.783 0.0746 .
concentration13 0.69556 2.00483 0.35593 1.954 0.0507 .
concentration22 -0.15399 0.85728 0.31970 -0.482 0.6300
concentration23 -0.26729 0.76545 0.31970 -0.836 0.4031
contaminant1 0.74756 2.11185 0.69261 1.079 0.2804
contaminant2 0.40921 1.50563 0.69438 0.589 0.5556
condition1 NA NA 0.00000 NA NA
condition2 NA NA 0.00000 NA NA
condition3 NA NA 0.00000 NA NA
condition4 0.53134 1.70120 0.76529 0.694 0.4875
pathogenpres1 NA NA 0.00000 NA NA
fam2 0.07799 1.08112 0.26550 0.294 0.7689
fam3 -0.03410 0.96647 0.28008 -0.122 0.9031
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1