Вы можете явно назвать инструменты следующим образом:
tools=['pan', 'box_zoom', 'wheel_zoom', 'crosshair', 'reset', 'save']
plot = figure(tools=tools, active_scroll = "wheel_zoom", x_axis_location=None, y_axis_location=None, output_backend="webgl", plot_width=1200, plot_height= 600, match_aspect=True )
shape1 = plot.line([0,1],[2,3])
shape2 = plot.line([4,5],[6,7])
h1 = HoverTool(renderers=[shape1], tooltips=[('title1',"text1")])
h2 = HoverTool(renderers=[shape2], tooltips=[('title2',"text2")])
plot.add_tools(h1, h2)
Еще одно замечание - если вы добавите h1 и h2 в первоначальный список, в котором вы объявляете инструменты, вы получите предупреждение о дублировании инструментов наведения. Я не видел это предупреждение, чтобы вызвать проблему.