Что-нибудь особенное, что должно произойти с файлом 3.5 web.config, чтобы воспользоваться новыми функциями в sp1?
Нет! Все, что вам нужно сделать, это изменить версию фреймворка сборки на 3.5 и начать использовать функции 3.5 в вашем приложении. Это относится ко всем типам проектов .Net (включая веб-приложение или проект веб-сайта).