Я работаю в phyloseq, и у меня возникают проблемы при редактировании моих картографических данных после того, как я уже создал объект phyloseq.Я думаю, проблема в том, как я пытаюсь объединить отредактированные данные с объектом, но я не могу точно определить точную проблему.
Все с первоначальной настройкой объекта phyloseq в порядке и выглядит так:
#Sequence chimera checked from dada2
seqtab <- readRDS("seqtab.rds")
#Taxonomic assignments
taxa <- read.csv("taxonomy.csv",sep=",",row.names=1)
taxa <- as.matrix(taxa)
#Mapping file
mapfile <- "map.txt"
map <- import_qiime_sample_data(mapfile)
head(map)
#Creating phyloseq object.
ps <- phyloseq(otu_table(seqtab, taxa_are_rows=FALSE),
sample_data(map),
tax_table(taxa))
Однако, как только я настрою это, я хочу иметь возможность вносить изменения в данные сопоставления, предпочтительно с помощью dplyr, а затем объединять их с объектом phyloseq.Вот как я пытался это сделать:
#Edit columns in dplyr
split <- data.frame(sample_data(ps))
split <- split %>%
separate(Date, c("Day", "Month", "Year"), sep = "-")
#Merge sample dataframes
sam <- data.frame(sample_data(ps))
split <- merge(split, sam, by = "SampleID")
Когда я делаю это и просто смотрю на мои примеры данных, столбцы были правильно разделены.Однако, когда я смотрю на объект phyloseq, столбцы не были разделены должным образом.У кого-нибудь есть предложения, где я иду не так?