Как мне определить папку назначения приложения clickOnce?
Это невозможно с ClickOnce. Приложения ClickOnce всегда устанавливаются в подкаталог Apps данных локальных приложений.
Apps
В дополнение к вышесказанному, это функция безопасности. Разрешать веб-сайтам устанавливать программное обеспечение в произвольных местах на чьем-то жестком диске автоматически - плохая идея.
Приложение One Click устанавливается непосредственно в каталог профиля пользователя. Вы не можете установить его в свои файлы Программы. Для настройки вашего приложения используйте Installaware Admin http://www.installaware.com/studio-admin-features.htm