ClickOnce устанавливает приложения в запутанное место в профиле пользователя (C:\Users\[username]\AppData\Local\Apps\2.0\...
на моем компьютере); это не может быть изменено. Установка в профиль позволяет пользователям с очень небольшими правами устанавливать приложения.
Если вы должны позволить пользователю выбрать, где установлено приложение, вам придется использовать другой метод, например, файл MSI.