Условный конвейер в Nextflow - PullRequest
Новая
       27

Условный конвейер в Nextflow

0 голосов
/ 21 мая 2018

Я пытаюсь создать условный конвейер NextFlow.Например,

Процесс A выводит значение в канал.Если значение равно 1, тогда запустите X, в противном случае запустите Y.

Вот что я пытаюсь сделать: 

initialData = 2
receiver1 = "EMPTY"
receiver2 = "EMPTY"
receiver3 = ""


process A {
    input:
    val initialData

    output:
    val initialData into trigger
    '''
    echo 10
    '''
}

process foo {
    input:
    val trigger

    output:
    val "I ran from FOO" into receiver2


    when:
    trigger == 2

    '''
    echo I ran from FOO
    '''
}


process bar {
    input:
    val trigger

    output:
    val "I ran from BAR" into receiver1


    when:
    trigger == 1

    '''
    echo I ran from BAR
    '''
}

Предположим, что foo и bar эквивалентны, но разные реализации (например, одна конвертируетфильм из AVI в h.264, а другой конвертирует из MOV в h.264).Я хотел бы иметь другой процесс, скажем C, который может читать либо из Bar, либо из Foo, ничего не зная о триггере.Но nextflow жалуется, если я использую одно и то же имя выходного канала в Foo и Bar.

...