параллельный запуск процесса с использованием кода nextflow - PullRequest
Новая
       46

параллельный запуск процесса с использованием кода nextflow

0 голосов
/ 11 марта 2020

Как настроить вход так, чтобы я мог запускать каждую выборку параллельно? 

/*
  set some viarable
*/
params.reads = "/home/zhangfeng/nextflow/test/rnaseq-nf/data/ggal/*_{1,2}.fq" 
params.annot = "/home/zhangfeng/nextflow/test/rnaseq-nf/data/ggal/ggal_1_48850000_49020000.bed.gff"
params.genome = "/home/zhangfeng/nextflow/test/rnaseq-nf/data/ggal/ggal_1_48850000_49020000.Ggal71.500bpflank.fa"
params.outdir = 'results'

/*
  create the read_pairs_ch channel
*/
Channel
    .fromFilePairs( params.reads )
    .ifEmpty { error "Cannot find any reads matching: ${params.reads}" }
    .set { read_pairs_ch }

process test{
    input:
    tuple val(pair_id),path(reads) from read_pairs_ch

    output:
    path "${pair_id}.txt" into output_ch
    """
    head -n 5 $reads > ${pair_id}.txt
    """
}

Я получаю результаты только первой выборки.

...