Желая использовать watchPath с манипуляциями с атрибутами файлов - PullRequest
0 голосов
/ 09 марта 2020

Я пытаюсь использовать watchPath в следующем потоке для поиска типа файла, а затем получить атрибуты файла. Что-то вроде:

Channel.watchPath("/path/to/a/*/ready.txt", 'create' ).view()
                        .map{row ->
                        def readyPath = file(row[0])
                        def path2move = readyPath.getParent()
                        def TNname    = path2move.getBaseName()
                        [TNname, path2move ]
                        }.view().set{TNReadyFiles}

В моем последнем утверждении представления я продолжаю получать «to» и «/ path / to», а не «/ path / to / a / dir /» (каталог, куда попадает файл создано). «path / to» - это каталог моего скрипта и рабочий каталог. Как я могу получить точные манипуляции с файлами после использования watchpath?

1 Ответ

0 голосов
/ 10 марта 2020

Если я правильно понимаю ваш вопрос:

Channel.watchPath("/path/to/a/*/ready.txt", 'create' ).view()
                        .map{row ->
                        def readyPath = row.getParent()
                        def TNname    = row.getName()
                        [TNname, readyPath ]
                        }.view().set{TNReadyFiles}

https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html#check -file-attribute

...