Как устранить ошибку «Ошибка метаданных: chr должен быть действительным» в Linux?

Question

Я относительно новичок в мире кодирования, поэтому у меня возникают проблемы с решением проблемы при запуске TranslocWrapper.pl tutorial_metadata.txt preprocess/ results/ --threads 2.Я пытаюсь запустить HTGTS Pipeline в соответствии с этим проектом GitHub .Это полная ошибка:

.   Library Genome  Chr Start   End Strand
1   RAG1A_SRep2 hg19    chr11   36594878    36595030    -
Metadata error: chr must be valid at /home/micah/transloc_pipeline/bin/TranslocWrapper.pl line 285.
    main::check_validity_of_metadata('HASH(0x2903ac8)') called at /home/micah/transloc_pipeline/bin/TranslocWrapper.pl line 248
    main::read_in_meta_file() called at /home/micah/transloc_pipeline/bin/TranslocWrapper.pl line 90

Я уже дважды проверил успешную установку зависимостей программного обеспечения, поэтому все должно быть хорошо, но у меня возникают проблемы при интерпретации «Ошибка метаданных: chr должен бытьдействителен в ... "строке.Если это помогает, это конкретные строки, которые вызываются в ошибке:

• TranslocWrapper.pl, строка 285:

  croak "Metadata error: chr must be valid" unless grep { $_ eq $expt->{chr} } @chrlist;
  

• Строка TranslocWrapper.pl 248:

  check_validity_of_metadata($expt);
  

• Строка TranslocWrapper.pl 90:

  read_in_meta_file;
  

Заранее спасибо за помощь!

Answer 1

Таким образом, ошибка говорит о том, что один из символов последовательности в файле метаданных отсутствует в файле сборки последовательности.

Учитывая, что это приведенный пример, вы должны предположить, что данные верны, а вашиВызов неисправен.

Выполнены ли шаги TranslocPreprocess.pl предварительной обработки?

Если вы попытались просмотреть первую строку файла метаданных, определите запись сборки.Убедитесь, что файл сборки существует и содержит требуемую последовательность.

Одной из распространенных проблем с этим видом кода является случай имен файлов.Примеры предназначены для запуска в Linux, где значение имени файла имеет значение.Windows любит притворяться, что дело не имеет значения, это может вызвать проблемы.Если вы запускаете этот код из Microsoft Windows или извлекаете какой-либо архив изнутри Windows, это вероятная причина ошибки.