Визуализация RDA - график численности видов в соответствии с RDA1 - PullRequest
0 голосов
/ 22 ноября 2018

Я отобрал 87 участков и определил в общей сложности 9 видов дождевых червей.Моя цель состоит в том, чтобы исследовать изменения в видовом богатстве и численности на моем участке (отобранный на 87 участках), который, как известно, загрязнен (главным образом Cu, Zn и Pb, но я также рассмотрел 2 составных показателя почвенной среды, извлеченных PCA).

Для этого я выполнил RDA (данные вида были преобразованы Хеллингером):

rda(formula = species.hel ~ Cu + Zn + Pb + PCA_axis1 + PCA_axis2, data = env)

модель важна, у меня есть влияние моих изученных загрязнителей на видовое сообщество иДисперсия, объясненная моими объяснительными переменными, достигает 37%.Пока все в порядке, за исключением того, что сейчас я хотел бы показать, как изобилие отдельных видов изменяется с RDA1, например, в онлайн-курсе Оксанен (http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/ordination101.html#33): enter image description here

Еслимое понимание того, как проходит RDA, является правильным, из объекта RDA я потенциально могу извлечь (не) линейный отклик вида на переменную среды с одной моделью для каждого вида. Однако в сводном объекте RDA я не могу выяснить, какие данныеИзвлечение. У любого из вас есть предложение на то, что я был бы очень признателен.

1 Ответ

0 голосов
/ 22 ноября 2018

Исходный код этой лекции доступен в github .Просто найдите фрагмент кода, который генерирует изображение, которое вы отображали выше, и измените cca() на rda с вашей моделью и запустите код.Ожидается, что полученный ответ будет линейным , хотя (ваше ожидание нестандартного ответа не является стандартным).

...