Итак, я новичок в Python и работаю над простой программой, которая будет читать текстовый файл с именами белков (идентификаторы PDB) и создавать URL для поиска в базе данных (PDB) этого белка и некоторых связанных данных.
К сожалению, будучи новичком, я забыл сохранить свой скрипт, поэтому не могу вспомнить, что я сделал, чтобы мой код работал!
Ниже приведен мой код:
import urllib
import urllib.parse
import urllib.request
import os
os.chdir("C:\\PythonProjects\\Samudrala Lab Projects")
protein_file = open("protein_list.txt","r")
protein_list = protein_file.read()
for item in protein_list:
item = item[0:4]
query_string =urlencode('customReportColumns','averageBFactor','resolution','experimentalTechnique','service=wsfile','format=csv')
**final_URL = url + '?pdbid={}{}'.format(url, item, query_string)**
print(final_URL)
Строка кода, на которой я застрял, помечена звездочкой.
В объекте "final_url" в цикле отсутствует какая-либо модификация, указывающая, что я бы хотел, чтобы URL-адрес для поиска элементакак pdbid.Может ли кто-нибудь дать мне подсказку о том, как я могу указать URL-адрес для подключения каждого элемента в списке в виде PDBID?
Я получаю сообщение об ошибке типа, указывающее, что это недопустимая нестроковая последовательность илисопоставление объекта.Исходное сообщение было отредактировано для добавления этой информации.
Пожалуйста, дайте мне знать, если это неясный вопрос, или если вам нужна дополнительная информация.
Спасибо!