Дендрограмма ggplot2 отображает узлы как листья - PullRequest
Новая
       72

Дендрограмма ggplot2 отображает узлы как листья

0 голосов
/ 31 января 2019

Я построил радиальную дендрограмму из категориальных данных, используя data.tree, dendextend и ggplot2.Моя цель - создать диаграмму, похожую на эту:

enter image description here

Однако некоторые из моих узлов разветвляются как листья, и мне интересно, если этовплоть до моей структуры данных и того, что я мог с этим поделать:

enter image description here

Бит, выделенный желтым цветом, - "Insular" из ветви "Celtic".На самом деле это должен быть узел, обозначенный стрелкой.

Я не знаю, что еще я мог бы сделать со своими данными для создания объекта дендрограммы.

Вот код и данные, которые я использовал: 

library(dendextend)
library(ggplot2)
library(data.tree)

ExceptII$pathString <-  paste("ExceptII",ExceptII$Level1,ExceptII$Level2,ExceptII$Level3,ExceptII$Level4,ExceptII$Level5,ExceptII$Level6,ExceptII$level7,ExceptII$level8,ExceptII$Level9, sep= "|")
head(ExceptII)
ExceptIITree <- as.Node(ExceptII, pathDelimiter = "|")

#The structure looks fine when I print it
ExceptIITree

dendrogram <- as.dendrogram(ExceptIITree)
ggd1 <- as.ggdend(dendrogram)
ggplot(ggd1, labels = FALSE) + 
  scale_y_reverse(expand = c(0.2, 0)) +
  coord_polar(theta="x")

Набор данных

Я также пытался 

library(ggraph)
ggraph(dendrogram, 'dendrogram', circular = TRUE) + 
geom_edge_diagonal()

, который возвращает: Ошибка в [[.default (den, 2): индекс за пределами

...