Некоторые вещи в вашем коде мне не совсем понятны, однако, если вы хотите сместить шаблон, вы должны просто добавить переменную, определяющую, насколько его сместить, и затем сместить вашу ось на эту переменную, например так:
import numpy as np
import cv2
amp=float(input('fringe amplitude:'))
t=float(input('time period:'))
c=int(input('cycle time:'))
# this is the shift variable
shift = int(input('shift amount'))
dt=1
xpix=np.arange(0,c*t,dt)
ypix=np.zeros_like(xpix)
n=t/dt
i=0
while i*dt< c*t:
# Here we offset i by the shift variable.
# Because we are summing, we are moving everything left by $shift pixels
# If you want to move right simply insert a negative value in shift
if ((i + shift) % n)/n < amp/100.0:
ypix[i]=1
i=i+1
A =255*np.tile(ypix,(1140,1))
print(A)
i= input('enter value:')
cv2.imwrite('newimg'+str(i)+'.bmp', A)