Импорт матриц подстановки переменных на основе строкового ввода Python - PullRequest
0 голосов
/ 25 ноября 2018

Я пытаюсь импортировать матрицу замещения для реализации алгоритма Нидлмана-Вунша в Python на основе заданного ввода.Если я хочу выбрать одну Матрицу, я могу сделать это следующим образом:

from Bio.SubsMat import MatrixInfo as matlist
scoring_mat = matlist.blosum62

Что бы мне нужно было сделать, если бы я хотел импортировать любую матрицу на основе входных данных?У меня есть это на данный момент:

def blosum(name):
    index = str(name)
    x= "blosum"+index
    return x

a= blosum(62)
scoring_mat = matlist.a

К сожалению, это дает мне следующую ошибку:

AttributeError: module 'Bio.SubsMat.MatrixInfo' has no attribute 'a'

Что мне нужно сделать, чтобы это работало?

Спасибо заранее!

1 Ответ

0 голосов
/ 30 ноября 2018

Попробуйте scoring_mat = getattr(matlist,a) вместо.У меня это сработало.

...