Я использую PCAdapt через Rstudio, и временные файлы хранятся в незнакомом месте на моем компьютере;Я только что обновил версию R, которую использую, и это может быть проблемой.Кроме того, я использую комбинацию дисков C и D и перегруппировываю их там, где хранятся документы и т. Д. С диска C на диск D.Это работало очень хорошо со старой версией R.Раньше было так, что выходной файл ".pcadapt" был сохранен в моем рабочем каталоге (что мне и нужно), но теперь он хранится где-то на диске c, и я не могу найти каталог, в котором он находитсядолжен быть на моем компьютере.Если я войду через командную строку Windows, я смогу увидеть ее.В любом случае, я запускаю следующее:
setwd("D:/Documents/PostDoc/collaboration-
MYates-CapeRace-PondStocking")
> require(pcadapt)
Loading required package: pcadapt
> path_to_file <-
"D:/Documents/PostDoc/collaboration-MYates-
CapeRace-PondStocking/For_Ella.vcf"
> MY <-
read.pcadapt(path_to_file,type="vcf")
output
No variant got discarded.
Summary:
- input file:
D:/Documents/PostDoc/collaboration-MYates-
CapeRace-PondStocking/For_Ella.vcf
AND HERE IS THE ISSUE, THIS OUTPUT FILE IS
GOING TO THE C DRIVE
- output file:
C:\Users\Admin\AppData\Local\Temp\RtmpmUOLgx\file10a820bd13fc.pcadapt
Я попытался найти этот файл, но не могу увидеть его на своем компьютере в каталоге, в котором он указан, и поэтому попытался создать новый каталогдля временных файлов, используя
tempfile(pattern = "file", tmpdir =
tempdir(), fileext =
"D:/Documents/PostDoc/collaboration-MYates-
CapeRace-PondStocking")
tempdir(check = FALSE)
Но это не сработало.Есть мысли о том, что я могу проверить?