Материал перед двоеточием является префиксом пространства имен.Вам необходимо зарегистрировать пространство имен и использовать его в выражениях XPath:
setns s=urn:S2SCTIcf:xsd:$SCTIcfBlkCredTrf
cat //s:FDtTm/text()
Таким образом, весь сценарий может выглядеть примерно так:
#!/bin/bash
ext=$(cat <<'EOF' \
| xmllint --shell file.xml \
| grep -A1 -- '-------' \
| tail -n1
setns s=urn:S2SCTIcf:xsd:$SCTIcfBlkCredTrf
cat //s:FileRef/text()
EOF
)
echo "$ext"