Ошибка при переупорядочении данных для подгонки модели времени события - PullRequest
Новая
       27

Ошибка при переупорядочении данных для подгонки модели времени события

0 голосов
/ 05 февраля 2019

У меня есть средние данные о всхожести (3 повторения по n = 50 семян в каждом), которые я реорганизую, чтобы они соответствовали модели времени события в R-пакете DRC (Ritz et al. 2013).Некоторые из моих показателей становятся отрицательными, поэтому я думаю, что, когда я пытаюсь использовать функцию drm, я получаю ошибку.Почему подсчет отрицателен, и в этом ли причина моей ошибки в drm?

Кажется, что это нормально работает с использованием набора данных о песчанке. 

library(drc)

# Data
time<-c(6, 19, 33, 47, 62, 75, 89)
count<-c(0, 1.66, 3.33, 1.33, 0, 0, 0)
data<-data.frame(time, count)

#From Ritz (2013)
germ <- data.frame(start = c(0, data$time), end = c(data$time, Inf)) 
germ$count <- c(0, diff(data$count), 50 - tail(data$count, 1))
head(germ)
tail(germ)

## Fitting the event-time model (by specifying the argument type explicitly)
germ.m1 <- drm(count~start+end, data = germ, fct = LL.3(), type = "event")
summary(germ.m1)

Я ожидал, что все подсчеты будут положительными, но несколькоотрицательны.Любая помощь очень ценится!

1 Ответ

0 голосов
/ 09 марта 2019

Я не знаю проблему, но я нашел простое (хотя, возможно, и клудливое) решение. 

# Same as in question
germ <- data.frame(start = c(0, data$time), end = c(data$time, Inf))

# Substitute for germ$count from question
cnt <- c(data$count) # cnt = count
rem<-50-sum(data$count) # 50 = number of seeds sown; 
                        # rem = remainder(# of seeds that did not germinate)
germ$count<-c(cnt, rem)

При таком обходе счет получился положительным, и модель была установлена ​​!!!

...