Кривые реакции на дозу - нечетные значения ED50 с помощью drc - PullRequest
Новая
       55

Кривые реакции на дозу - нечетные значения ED50 с помощью drc

0 голосов
/ 22 сентября 2019

Я пытаюсь построить кривую доза-ответ, используя drc.У меня есть две клеточные линии (gr, ctrl), и я пытаюсь определить ED50 для них обоих на одном графике.Клетки обрабатывают одним и тем же лекарственным средством, слияния сопровождаются измеренным ответом.

После расчета с использованием ED результат дает мне несколько странных чисел. 

> #data
> dput(incu)
structure(list(cell_line = c("gr", "gr", "gr", "gr", "gr", "gr", 
"gr", "gr", "gr", "ctrl", "ctrl", "ctrl", "ctrl", "ctrl", "ctrl", 
"ctrl", "ctrl", "ctrl"), concentration = c(0, 0.001, 0.003, 0.006, 
0.01, 0.03, 0.1, 0.3, 1, 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.01, 0.03, 
0.1, 0.3, 1), confluency = c(100, 83.920208263529, 76.3771201517205, 
70.3196127286416, 87.6047426653901, 73.0547963016434, 86.3958825883478, 
75.3635915616798, 85.5326850667842, 100, 84.6549611260149, 58.9885983810855, 
-8.76517036651747, 21.6983416532331, -10.9003403181362, -12.3609052077884, 
-13.2655463052258, -7.59527744074285), SD = c(NA, 16.4686274085642, 
14.9385036068391, 9.55320006142224, 10.183898021169, 20.001799498955, 
7.22345139045768, 22.0994381721301, 8.43478081150139, NA, 9.63266009058469, 
10.3368371037371, 16.992025977207, 24.2143931244896, 8.20169041108195, 
7.8325260302496, 5.26949485770548, 3.84706305611308)), row.names = c(NA, 
-18L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
> 
> # fitting
> all.L4 <- drm(confluency ~ concentration, cell_line, data = incu, fct  = L.4())
> 
> # plot
> plot(all.L4, xlab = "Drug Concentration", ylab = "% of Control",  col = TRUE)
> 
> #calculate ED50
> ED(all.L4, 50)

Estimated effective doses

            Estimate Std. Error
e:ctrl:50 -0.0226138  0.0010383
e:gr:50   -0.4515882  0.9800067

enter image description here

Мои вопросы:

1: Я что-то пропустил, чтобы рассчитать ED50.Есть ли способ отобразить значения EC50 в виде линий на графике?

Будучи новичком, я очень ценю любые советы.

Ура!

1 Ответ

1 голос
/ 22 сентября 2019

Вопрос состоит в том, чтобы подогнать кривую, значения Y которой являются отрицательными, функцией, которая никогда не может давать отрицательные значения.Вместо этого попробуйте LL.4.

Кроме того, клеточная линия gr выглядит как горизонтальная линия, поэтому вы не получите ничего разумного от логистической или какой-либо общей функции (кроме горизонтальной линии) для этого иВы не можете ожидать использования ED на такой кривой.

...