Функция ED.drc в R для кривых, которые не покрывают полный диапазон отклика - PullRequest
0 голосов
/ 03 октября 2018

Я установил модель доза-ответ, используя функцию drm для набора данных, который не покрывает полный диапазон ответа.Таким образом, я протестировал диапазон концентраций, но самая высокая тестовая концентрация не привела к 100% смертности для тестируемых организмов.Если я теперь использую функцию ED для определения EC50, то она показывает эффект-дозу, дающий 50% -ный эффект от максимального наблюдаемого эффекта.Во всяком случае, это не фактическая эффект-доза, приводящая к 50% пораженным организмам, поскольку моя кривая доза-ответ не охватила весь диапазон доза-ответ.

#Input data
conc1<-c(10,20,40,80,160)
inc.dr<-c(0,0,20,60,70)

conc2<-c(10,20,40,80,160,320)
comp.dr<-c(0,0,20,60,70,100)

#Model fitting
wrongECx<-drm(inc.dr~conc1,fct=llogistic2(fixed=c(NA,0,NA,NA,1)),type="continuous")

correctECx<-drm(comp.dr~conc2,fct=llogistic2(fixed=c(NA,0,NA,NA,1)),type="continuous")


# Calculation of ECx values
ED(wrongECx, c(10,20,50), interval = "fls")

ED(correctECx, c(10,20,50), interval = "fls")
...