Я думаю, что наиболее надежным способом может быть создание одного пустого объекта для каждой коллекции в Blender и использование его в качестве родительского для остального содержимого его коллекции.Дайте ему имя, которое вы сможете найти со стороны ThreeJS.
В glTF самих по себе нет «коллекций», но есть родительская / дочерняя иерархия узлов, и вы можете использоватьчто для целей группировки.
В качестве примечания, glTF поддерживает несколько «сцен», но я не помню, будет ли экспортер записывать несколько сцен Blender как таковых.Большинство читателей GLTF не делают хорошую работу по чтению этого в любом случае.Я подозреваю, что использование пустых узлов в качестве родителей групп для организации вещей будет более проверенным путем кода.