Как извлечь конкретную информацию из нескольких файлов и составить таблицу в Linux?

Question

У меня есть несколько текстовых файлов с информацией.Здесь я показываю для двух текстовых файлов, как показано ниже:

Sample1.txt

Status  /documents/Sample1.sorted.bam
Assigned        50945040
Unassigned_Unmapped     947866
Unassigned_MappingQuality       0
Unassigned_Chimera      0
Unassigned_FragmentLength       0
Unassigned_Duplicate    0
Unassigned_MultiMapping 49013681
Unassigned_Secondary    0
Unassigned_Nonjunction  0
Unassigned_NoFeatures   21189312
Unassigned_Overlapping_Length   0
Unassigned_Ambiguity    4430011

Sample2.txt

Status  /documents/Sample2.sorted.bam
Assigned        36335614
Unassigned_Unmapped     870456
Unassigned_MappingQuality       0
Unassigned_Chimera      0
Unassigned_FragmentLength       0
Unassigned_Duplicate    0
Unassigned_MultiMapping 68688141
Unassigned_Secondary    0
Unassigned_Nonjunction  0
Unassigned_NoFeatures   23746485
Unassigned_Overlapping_Length   0
Unassigned_Ambiguity    3734593

Для одного текстового файла I 'используя grep:

grep "Assigned\|Unmapped\|MultiMapping\|NoFeatures\|Ambiguity" Sample1.txt > output.txt

Но я хочу, чтобы вывод был таким, как показано ниже, где я могу использовать небольшой скрипт для всего текстового файла и создать таблицу:

                        Sample1       Sample2
Assigned                50945040      36335614
Unassigned_Unmapped     947866        870456
Unassigned_MultiMapping 49013681      68688141
Unassigned_NoFeatures   21189312      23746485
Unassigned_Ambiguity    4430011       3734593

Answer 1

$ cat tst.awk
$2 != 0 {
    printf "%s%s", (NR>1 ? $1 : "Name"), OFS
    for (i=2; i<=NF; i+=2) {
        gsub(/^.*\/|\..*$/,"",$i)
        printf "%s%s", $i, (i<NF ? OFS : ORS)
    }
}

$ paste Sample1.txt Sample2.txt | awk -f tst.awk | column -t
Name                     Sample1   Sample2
Assigned                 50945040  36335614
Unassigned_Unmapped      947866    870456
Unassigned_MultiMapping  49013681  68688141
Unassigned_NoFeatures    21189312  23746485
Unassigned_Ambiguity     4430011   3734593

Чтобы получить вывод, который Excel может понять, а не вывод, показанный в вопросе, сделайте следующее:

$ cat tst.awk
BEGIN { OFS="," }
$2 != 0 {
    printf "%s%s", (NR>1 ? $1 : "Name"), OFS
    for (i=2; i<=NF; i+=2) {
        gsub(/^.*\/|\..*$/,"",$i)
        printf "%s%s", $i, (i<NF ? OFS : ORS)
    }
}

$ paste Sample1.txt Sample2.txt | awk -f tst.awk > output.csv

и затем дважды щелкните файл output.csv, чтобы открыть его в Excel.