POP, как протокол, делает два больших предположения: во-первых, ничто иное не изменяет почтовый ящик, пока вы смотрите на него.Во-вторых, сообщения удаляются или архивируются, или что-то еще после того, как вы просмотрели (сервер решает, что именно, клиент может отказаться от этого, выполнив какое-то действие не по умолчанию, я забыл детали).Этот дизайн обнаруживается на каждом сервере и в каждой клиентской библиотеке.Вы открываете почтовый ящик в несколько потоков, поэтому у вас будут проблемы с вашим сервером, вашей клиентской библиотекой или обоими.
Вы можете попробовать использовать один поток, вы можете перейти на IMAP, или выможет попытаться исследовать ваш клиент и сервер, чтобы избежать проблем, с которыми вы сталкиваетесь.Все три возможны, даже третий.