Я хочу уничтожить все данные файла fa из файла fasta_files (там более 100 файлов fa) с 15SAPIs_integrases_nt, чтобы найти, есть ли какие-либо выравнивания, я использую следующий код в окне bach:
для i в $ (lsfasta_files);do makeblastdb -in $ {i} -dbtype 'nucl' -out $ {i} .contigs.fasta.index;blastn -query 15SAPIs_integrases_nt.fasta -db $ {i} .contigs.fasta.index -out $ {i} .blast.out -num_alignments 100 -num_threads 5 -best_hit_score_edge 0.1 -word_size 4 -evalue .001 -outfmt 8;сделано
Вывод данных должен быть в таблице Excel 