gcloud.alpha.genomics.pipelines.run - Нет такого файла или каталога: 'wdl_pipeline.yaml'

Question

Я пытаюсь запустить конвейер лучших практик GATK в облаке Google и получить ошибку ниже

вот команда gcloud:

gcloud alpha genomics pipelines run \
--pipeline-file wdl_pipeline.yaml \
--regions us-central1 \
--inputs-from-file WDL=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.wdl,\
WORKFLOW_INPUTS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.hg38.inputs.json,\
WORKFLOW_OPTIONS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.options.json \
--env-vars WORKSPACE=${GATK_OUTPUT_DIR}/work,\
OUTPUTS=${GATK_OUTPUT_DIR}/output \
--logging ${GATK_OUTPUT_DIR}/logging/

ОШИБКА: (gcloud.alpha.genomics.pipelines.run) Невозможно прочитать файл [wdl_pipeline.yaml]: [Errno 2] Нет такого файла или каталога: 'wdl_pipeline.yaml'

Answer 1

[ОБНОВЛЕНИЕ] Местоположение репозитория WDL Runner изменилось.Учебное пособие на https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk обновлено.

---

[ОРИГИНАЛ] Если вы следуете учебному пособию на https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk, обязательно выполните шаг 4, где вы меняете каталоги.Он говорит вам, что файл wdl не находится в каталоге, где вы находитесь.