Как конвертировать fastq в uBAM с помощью Picard Dock в облаке Google - PullRequest
Новая
       42

Как конвертировать fastq в uBAM с помощью Picard Dock в облаке Google

0 голосов
/ 10 июня 2018

Я пытался преобразовать свои файлы fastq в облаке Google в файлы uBAM, но пока безуспешно.Вот код, который я использовал: 

dsub \
--project projectID \
--zones "us-central1-*" \
--logging gs://bucket/logging \
--image broadinstitute/picard \
--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.fq OUTPUT=gs://bucket/S_fastqtosam.bam READ_GROUP_NAME=Cancers SAMPLE_NAME=TS LIBRARY_NAME=Solexa-272222 PLATFORM_UNIT=CL100056 PLATFORM=illumina SEQUENCING_CENTER=BI RUN_DATE=2017-08-20T00:00:00-0400'
--wait

Я вижу, что изображение было извлечено и успешно запущено, но затем я получил сообщение об ошибке, говорящее о неправильной команде, и, пожалуйста, проверьте PicardcommandLine -h

Есть ли у кого-нибудь опыт конвертации fastq в uBAM с облаком Google?Пожалуйста помоги.Очень признателен.Спасибо.

1 Ответ

0 голосов
/ 12 июня 2018

Образ докера broadinstitute/picard уже запускает java в качестве своей точки входа (подробнее см. [1]).Вам нужно изменить команду, чтобы удалить java -Xmx8G -jar picard.jar.

Я также не уверен, будет ли работать передача путей облачного хранилища напрямую в picard, и вам, вероятно, потребуется указать дополнительные аргументы (--input и --output) при запуске дсуб.См. https://github.com/DataBiosphere/dsub/blob/master/docs/input_output.md для получения более подробной информации.

[1] Entrypoint определен как "/usr/picard/docker_helper.sh", то есть это файл , который запускает Java напрямую.Каждый образ докера имеет собственную точку входа, поэтому важно убедиться, что вы используете правильные команды для каждого образа докера.

...