dsub: ошибка в облаке Google («выход из состояния 141») - PullRequest
Новая
       26

dsub: ошибка в облаке Google («выход из состояния 141»)

0 голосов
/ 29 мая 2018

Я пытался запустить некоторые образцы последовательности генома в облаке Google с помощью dsub.Команды dsub работают нормально для некоторых образцов, но не для других.Я попытался уменьшить количество параллельных потоков, увеличить память и диск, но все равно не удается.Поскольку каждый запуск занимает около 2 дней, метод проб и ошибок довольно дорог!Любая помощь / советы будут высоко оценены!

Моя команда: 

dsub \    
  --project "${MY_PROJECT}" \
  --zones "us-central1-a" \
  --logging "${LOGGING}" \
  --vars-include-wildcards \
  --disk-size 800 \
  --min-ram 60 \
  --image "us.gcr.io/xxx-yyy-zzz/data" \
  --tasks "${SCRIPT_DIR}"/tBOWTIE2.tsv \
  --command 'bismark --bowtie2 --bam --parallel 2 "${GENOME_REFERENCE}" -1 "${INPUT_FORWARD}" -2 "${INPUT_REVERSE}" -o "${OUTPUT_DIR}"' \
  --wait

Команда dstat с параметром --full показывает ошибку как: 

  status: FAILURE
  status-detail: "11: Docker run failed"

В последней строке файла журнала в облаке Google просто говорится "(выход из состояния 141)".

большое спасибо!

...