Пробитная модель для 95% предела оценки обнаружения с КИ - PullRequest
Новая
       10

Пробитная модель для 95% предела оценки обнаружения с КИ

0 голосов
/ 30 сентября 2018

Я новичок в R и статистике, но мне нужно построить пробную модель для моих данных, чтобы оценить концентрацию, которая дает мне положительный результат в 95% случаев.Я пытаюсь адаптировать функцию, которую я нашел здесь .Я должен выяснить, как была построена модель, как рассчитать 95% -й ДИ для модели, и построить все это, как показано ниже. 

# sample data with concentration, number of successful detections and number of fails
dat <- data.frame(conc = c(1e3, 1e2, 1e1, 1e0, 1e-1, 1e-2),
              success = c(10, 10, 9, 7, 3, 0),
              failure = c(0, 0, 1, 3, 7, 10))
# buid the probit model
probit_model <- glm(cbind(success, failure) ~ log10(conc), data = dat, family = binomial(link ="probit"))

# get the 95% CI FOR THE MODEL
prediction <- predict.glm(probit_model, 
                      newdata = data.frame(conc = prediction_xaxis),
                      type = "link",
                      se.fit = TRUE)

se <- qnorm(0.975) * prediction$se.fit
upr <- unlist(probit_model$family$linkinv(prediction$fit + se))
lwr <- unlist(probit_model$family$linkinv(prediction$fit - se))
fit <- unlist(probit_model$family$linkinv(prediction$fit))

Я также мог бы получить числовое значение для концентрацииэто дает 95% вероятности обнаружения: 

# get the numeric value for the concentration that gives 95% detections
lod95 <- 10^((probit_model$family$linkfun(0.95) - coef(probit_model)[1])/coef(probit_model)[2])

И я построил это так: 

# make plot
with(dat, plot(conc, success/(success + failure), ylab = "Probability", xlab = "Concentration", log = "x", pch = 19, ylim = c(0, 1)))
title(main = paste("LoD95% = ", round(lod95, 2), " (", round(ci_upper, 1), " - ", round(ci_lower, 1), ")", sep = ""))

lines(prediction_xaxis, fit)
lines(prediction_xaxis, lwr, lty = 2)
lines(prediction_xaxis, upr, lty = 2)
abline(h = 0.95, lty = 2, col = "red")
abline(v = lod95, lty = 2, col = "red")

Что мне сейчас нужно, так это получить значения концентрации для перехвата междуГоризонтальная красная линия на 95% с пунктирными линиями на 95% CI.

Я нашел здесь несколько веб-сайтов и сообщений о glm () и confint (), но ни один из них не делает именно то, что мне нужно, поэтому я ценю любыевход об этом.

...