У меня такая же ситуация в моем случае с keras 2.2.0, python 3.5.2.
Определение функции начинается следующим образом:
def plot_model(model,
to_file='model.png',
show_shapes=False,
show_layer_names=True,
rankdir='TB'):
, поэтому, я думаю, у нас есть более старые версиикерас, где изменение dpi не поддерживалось напрямую.