Мне было интересно, существует ли метод, использующий perl или python для удаления столбцов из MSA, которые имеют только пробелы - и / или N и / или?(все, кроме нуклеотида).Это будет запускать его на нескольких MSA.
seq1
ATCGNN - ?? ATCG
seq2
ATCGNN - ATCGCG
seq3
ATCG-? NCGAAAAA
(Удалить столбцы 5,6,7)
Я знаю, что есть такой инструмент, как TrimAl, у которого есть возможность удалять позиции gappy, но я не знаю, смогу ли я адаптировать его для просмотра позиций только с символами '-''N' '?'.Я хочу сохранить?, N, - в других частях выравнивания, так что я не думаю, что команда tr может помочь?
Спасибо