Я много думал об этой проблеме, и я не знаю, как ее решить (также спрашивается здесь https://www.biostars.org/p/426234/, но не отвечаю). У меня есть файл fasta с предшественниками микроРНК и файл постельного белья с координатами этого предшественника в геноме.
Предшественники файла микро-РНК fasta:
>LQNS02278089.1_34108
CGGTCGTGATGGGAGCAAATTTGAACAATTAAATAGCAAATTGCACTCGTCCCGGCCTGC
>LQNS02278089.1_34106
CGGTCGTGATTGGTGCAACTTGGGTCACTTAACCGCCAATTGCACTGATCCCGGCCTGC
>LQNS02278089.1_34110
CGGCCGGTATGAGGGCAAATCAATTTCTGTATAAATGACGAATTGCACTCGTCCCGGCCTTC
предшественники файла кровати:
LQNS02278089.1 848170 848230 LQNS02278089.1_34108 2249659.3 - 848170 848230 0,0,255
LQNS02278089.1 847652 847711 LQNS02278089.1_34106 1566285.5 - 847652 847711 0,0,255
LQNS02278089.1 848490 848552 LQNS02278089.1_34110 882643.1 - 848490 848552 0,0,255
У меня также есть быстрый файл последовательностей зрелых микроРНК, который я хотел бы отобразить в файл быстрого доступа предшественников, чтобы получить другой файл постели для зрелых микроРНК.
быстрый файл зрелых микроРНК:
>LQNS02278089.1_34108
AATTGCACTCGTCCCGGCCTGC
>LQNS02278089.1_34106
AATTGCACTGATCCCGGCCTGC
>LQNS02278089.1_34110
AATTGCACTCGTCCCGGCCTTC
Буду очень признателен за любую помощь или рекомендацию!