У меня есть матрица со значениями экспрессии генов, и я хочу построить это на тепловой карте.Однако, когда я использую опцию масштабирования scale = "row", на тепловой карте появляются пустые (серые) линии.Из-за этого pheatmap не допускает кластеризацию на основе строк.Когда я рисую график без масштабирования, пустых линий нет.
Я подозреваю, что это может быть связано с малым разбросом и низким выражением в некоторых строках, но в наборе данных выражения отсутствуют пропущенные значения.
p <- pheatmap(expression_matrix,
show_rownames=F,
show_colnames = T,
clustering_distance_rows = "manhattan",
cluster_cols=F,
cluster_rows=F,
annotation_col=df,
annotation_colors = my_colors,
scale = "row")
Я ищу объяснение, почему это происходит, и решение, как избежать этого.
График перед масштабированием:
График после масштабирования:
