Масштабирование Pheatmap создает пустые строки (пропущенные значения) - PullRequest
0 голосов
/ 11 февраля 2019

У меня есть матрица со значениями экспрессии генов, и я хочу построить это на тепловой карте.Однако, когда я использую опцию масштабирования scale = "row", на тепловой карте появляются пустые (серые) линии.Из-за этого pheatmap не допускает кластеризацию на основе строк.Когда я рисую график без масштабирования, пустых линий нет.

Я подозреваю, что это может быть связано с малым разбросом и низким выражением в некоторых строках, но в наборе данных выражения отсутствуют пропущенные значения.

p <- pheatmap(expression_matrix, 
         show_rownames=F, 
         show_colnames = T,
         clustering_distance_rows = "manhattan",
         cluster_cols=F,
         cluster_rows=F,
         annotation_col=df,
         annotation_colors = my_colors, 
         scale = "row")

Я ищу объяснение, почему это происходит, и решение, как избежать этого.

График перед масштабированием:

enter image description here

График после масштабирования:

enter image description here

...