Вы сможете восстановить список, посмотрев на старый csproj в вашей системе управления версиями - в частности, посмотрите на записи <PublishFile>
, например (для тривиального теста):
<ItemGroup>
<PublishFile Include="TextFile1.txt">
<Visible>False</Visible>
<Group>
</Group>
<TargetPath>
</TargetPath>
<PublishState>Include</PublishState>
<IncludeHash>True</IncludeHash>
<FileType>File</FileType>
</PublishFile>
</ItemGroup>
Обратите внимание, что эти записи могут быть только для явных записей - если файлы публикуются неявно, они не появятся в csproj.
Просто отредактируйте файл csproj как xml и исправьте / замените все поврежденные записи, используя старый (рабочий) csproj в качестве шаблона.