Развертывание ClickOnce разработано так, чтобы не оказывать влияния на хост-компьютер, поэтому приложения ClickOnce устанавливаются в пользовательские папки, чтобы не оказывать влияния на хост-компьютер и не требовать прав администратора.
В Vista / Win7 это папка SysDrive:\Users\UserName\AppData\Local\Apps\
, а на компьютерах с XP я думаю, что папка SysDrive:\Documents and Settings\UserName\Application Data\
, если я правильно помню.
В Vista / 7 вы можете легко найти это место, открыв Диспетчер задач и нажав на пункт меню «Открыть расположение файла» в контекстном меню вашего приложения.