Определение переменной среды JAVA_HOME в среде Jenkins будет достаточно:
export JAVA_HOME = /path/to/JDK9
если вы запускаете Jenkins в контейнере, просто определите JAVA_HOME в команде запуска docker:
docker run -d -p 8080:8080 -p 50000:50000 -v /path/to/JDK9:/internal/path/to/JDK9 --env JAVA_HOME=/internal/path/to/JDK9 jenkins:jenkins