Если вы запускаете приложение из любого места, кроме сервера Domino, вы можете использовать классы Notes для доступа к серверу и циклического перебора всех баз данных. Вот основная структура:
NotesSession s = new Domino.NotesSessionClass();
s.Initialize("MyPassword");
NotesDbDirectory d = s.GetDbDirectory ("MyServer");
NotesDatabase db = d.GetFirstDatabase();
...
// loop over all DB's
String sPath = db.filePath;
...
db = d.getNextDatabase (db);
...