как создать узлы и ребра для списка генов сорго, используя идентификатор гена из фитозомы

Question

Я использую сорго ID из фитозомы в моем RNAseq.Я хочу создать генную сеть с помощью cytoscape для определенного списка генов.К сожалению, я не мог использовать строку или другие инструменты, потому что идентификатор гена, который я использовал из Phytozome 12, не распознается.Итак, мой вопрос, как преодолеть эту проблему и создать узлы и ребра для моего списка генов ???Заранее спасибо.

Answer 1

Я не уверен, какой идентификатор вы используете.Имена транскриптов фитозом (например, Sobic.008G038200.1) не работают, но я смог заставить символы «Sb» работать в String просто отлично.Вы также можете попытаться сопоставить с символом гена (например, ACR4 для Sb08g003290).Кроме того, вам просто нужно сопоставить имена транскриптов и более общий идентификатор (например, Ensembl или Entrez).

- scooter