Я пытаюсь использовать сценарий geneBody_coverage.py из RSeQC, для которого требуется разделенный табуляцией файл .bed с 12 столбцами в качестве ссылки.Для этого я использовал скрипт gff2bed для преобразования файла .gff3 из Ensembl в формат .bed.Когда я запускаю его, я получаю только ошибки, сообщающие мне, что файл не в 12-колоночном формате.Коллега сказал мне, что он также пытался использовать gff2bed для файлов Ensembl, и формат для него тоже был неправильным.Есть ли какие-либо решения для этого?
Я пробовал то же самое с другим файлом .gff3 Ensembl с тем же результатом.Я также попробовал gtf2bed с тем же результатом.